La fragmentación de archivos es un hecho que se produce habitualmente en los sistemas operativos Microsoft Windows y que se acentúa conforme más se usa el sistema. Este hecho se basa en que el sistema operativo siempre intenta guardar los archivos en los primeros sectores libres del disco, ya que cuanto más altos son los sectores, mayor es el tiempo que requiere el cabezal del disco para acceder a ellos. Este hecho provoca que cuando nuestro sistema operativo guarda un archivo, si encuentra un sector libre empieza a guardar en él. Pero si el archivo es mayor que ese espacio que ha encontrado, fragmenta el archivo y sigue el guardado en el siguiente sector libre.

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Cuanto más uso le damos a nuestra máquina, más facilidad hay que nos encontremos con archivos fragmentados, aunque nosotros desconozcamos si lo están o no, ya que solo el sistema operativo conoce a donde tiene que ir a buscar un archivo cuando lo abrimos. Si borramos un archivo dejamos un hueco libre, que se usará para el siguiente fichero que deba guardarse. Es por eso que se da con mayor frecuencia en equipos que tienen un mayor tiempo de uso.

Conforme más archivos se encuentran fragmentados en nuestro disco duro, mayor es el tiempo que se requiere para que el sistema logre acceder a él. Por este motivo, cuando el contenido de un disco está muy fragmentado, experimentamos una mayor lentitud para usarlo. Esto nos puede hacer pensar que podemos necesitar una reinstalación del sistema operativo e incluso que el disco duro se nos ha dañado. Pero nada más lejos de la realidad.

Para combatir este hecho existen herramientas de desfragmentación. El propio Windows incorpora una herramienta propia, que a partir de Windows 7 funciona realmente bien. Además permite la programación de la tarea, por lo que se puede escoger un momento en el cual no estemos usando el ordenador. Si se trata de nuestro ordenador de trabajo, la hora de la comida puede ser un momento idóneo para ello. También existen otras herramientas que se pueden instalar para la desfragmentación, como Defraggler o MyDefrag, entre otras. Éstas incorporan algunas características extra, que la propia herramienta del sistema operativo no integra.

La periodicidad para ejecutar la desfragmentación de nuestro disco duro variará en función del uso. Para ordenadores en los cuales se instalen y desinstalen aplicaciones a menudo, que tengan mucha rotación de archivos o que consumen muchos recursos, es recomendable ejecutarlo a menudo. Sin embargo, en equipos que no tienen estos requerimientos, se puede prescindir de ejecutar la tarea de una forma tan continuada.

En cualquier caso hay que considerar que el la acción de desfragmentar supone movimiento de archivos en el disco, por lo que se le está solicitando un rendimiento extra. Si ejecutamos esta tarea demasiado a menudo, acortaremos la vida útil del ordenador, mientras que si no lo hacemos nunca, notaremos un descenso del rendimiento o lentitud. Por lo tanto, se trata de encontrar un equilibrio.